eDNA在識別水生物種方面具有優(yōu)勢，但由于該方法固有的復雜性，其應用在很大程度上仍在評估中。每個步驟都可能引入錯誤和偏差，包括樣品收集，DNA提取，DNA擴增，高通量測序和生物信息學管道。在水生生態(tài)系統(tǒng)中應用eDNA方法時，應考慮一些因素，并且需要強有力的實驗設計，以提高對從eDNA調(diào)查中獲得的結(jié)論的信心。

兩棲動物經(jīng)常棲息在混濁的環(huán)境中，例如農(nóng)業(yè)池塘或淺水湖，由于減少，eDNA 的采樣具有挑戰(zhàn)性與高沉積物負載堵塞過濾器相關(guān)的過濾方法的性能。渾濁水域中 eDNA 研究的效率仍然鮮為人知，很少有研究解決這些環(huán)境中生物多樣性評估的困難。由于表面積大，膠囊式ENDA過濾器可以過濾大量體積并有助于克服堵塞問題。

對于膠囊式過濾器，使用采樣泵送水。便攜式水生態(tài)EDNA捕獲器在從大量水的過濾（流淌或停滯）中回收水生生物的DNA方面非常有效。只需對池塘、溪流和湖泊等水體進行采樣、過濾，就可以有效捕獲水生生態(tài)系統(tǒng)中的這部分DNA。過濾膠囊過濾器可用于高濁度水，過濾水量可達100升。